AMBER
 | |
| Yazar | Peter Kollman V1: Paul Weiner V2: U Chandra Singh V3: David Pearlman, James Caldwell, William Ross, Thomas Cheatham, Stephen Debolt, David Ferguson, George Seibel Sonraki sürümler: David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker |
|---|---|
| Geliştirici | Kaliforniya Üniversitesi |
| İlk yayınlanma | 1981) |
| Güncel sürüm | 24[1]  30 Nisan 2024 |
| Programlama dili | C, C++, Fortran |
| İşletim sistemi | Windows, OS X, Linux, Unix, CNK |
| Platform | x86, Blue Gene |
| Tür | Moleküler dinamik |
| Lisans | Amber: Özel mülk AmberTools: GNU, kamu malı, açık kaynak |
| Resmî sitesi | ambermd.org |
Assisted Model Building with Energy Refininement (AMBER), ilk olarak San Francisco Kaliforniya Üniversitesinde Peter Kollman tarafından geliştirilen ve 1981'de yayımlanan,[2] protein ve DNA gibi biyolojik makromoleküllerin moleküler dinamik (MD) simülasyonlarında kullanılan bir yazılım paketidir.
1987'lerde AMBER'ın yeni sürümü üzerinde çalışılmaya başlandı. Kollman laboratuvarında çalışan veya laboratuvarla bağlantılı araştırmacılardan oluşan ekipte David Pearlman, David Case, James Caldwell, William Ross, Thomas Cheatham, Stephen DeBolt, David Ferguson ve George Seibel yer alıyordu.[3]
AMBER kuvvet alanı
[değiştir | kaynağı değiştir]AMBER kuvvet alanı, CHARMM ve GROMOS kuvvet alanlarıyla birlikte günümüzde en yaygın kullanılan kuvvet alanlarından biridir ve NAMD gibi çeşitli yazılımlar tarafından desteklenmektedir.[4] AMBER kuvvet alanları, AmberTools aracılığıyla ücretsiz olarak kullanıma sunulmaktadır.
AMBER kuvvet alanının matematiksel formülasyonu:[5]
![{\displaystyle +\sum _{i\in {\text{torsions}}}\sum _{n}{\frac {1}{2}}V_{i}^{n}[1+\cos(n\omega _{i}-\gamma _{i})]}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/7c7949ed189c2add713405eb21fe5adcbda09ca0)
![{\displaystyle +\sum _{j=1}^{N-1}\sum _{i=j+1}^{N}f_{ij}{\biggl \{}\epsilon _{ij}{\biggl [}\left({\frac {r_{ij}^{0}}{r_{ij}}}\right)^{12}-2\left({\frac {r_{ij}^{0}}{r_{ij}}}\right)^{6}{\biggr ]}+{\frac {q_{i}q_{j}}{4\pi \epsilon _{0}r_{ij}}}{\biggr \}}}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/2d244cd7f2e174af73dfc1e4dd0b37083115b690)
Ayrıca bakınız
[değiştir | kaynağı değiştir]Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ↑ "Amber24: pmemd and pmemd.CUDA". 29 Nisan 2025. 26 Eylül 2025 tarihinde kaynağından arşivlendi.
- ↑ Weiner, Paul K.; Kollman, Peter A. (1981). AMBER: Assisted model building with energy refinement. A general program for modeling molecules and their interactions. Journal of Computational Chemistry (İngilizce). 2. Wiley. ss. 287-303. doi:10.1002/jcc.540020311. ISSN 0192-8651. 29 Nisan 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Eylül 2026.
- ↑ Pearlman, David A.; Case, David A.; Caldwell, James W.; Ross, Wilson S.; Cheatham, Thomas E.; DeBolt, Steve; Ferguson, David; Seibel, George; Kollman, Peter (1995). AMBER, a package of computer programs for applying molecular mechanics, normal mode analysis, molecular dynamics and free energy calculations to simulate the structural and energetic properties of molecules. Computer Physics Communications (İngilizce). 91. ss. 1-41. doi:10.1016/0010-4655(95)00041-d. ISSN 0010-4655.
- ↑ James C. Phillips; Rosemary Braun; Wei Wang; James Gumbart; Emad Tajkhorshid; Elizabeth Villa; Christophe Chipot; Robert D. Skeel; Laxmikant Kalé; Klaus Schulten (2005). Scalable molecular dynamics with NAMD. Journal of Computational Chemistry (İngilizce). 26. Wiley. ss. 1781-1802. doi:10.1002/jcc.20289.
- ↑ Wendy D. Cornell; Piotr Cieplak; Christopher I. Bayly; Ian R. Gould; Kenneth M. Merz Jr.; David M. Ferguson; David C. Spellmeyer; Thomas Fox; James W. Caldwell; Peter A. Kollman (1995). A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. Journal of the American Chemical Society (İngilizce). 117. ss. 5179-5197. doi:10.1021/ja00124a002.
Dış bağlantılar
[değiştir | kaynağı değiştir]- Resmî site (İngilizce).
