Klubas išsivystė iš dviejų klubų, įkurtų 1899 metais – Frankfurter Fußball-Club Victoria von 1899 ir Frankfurter Fußball-Club Kickers von 1899. Šie klubai susijungė 1911 m., sudarydami Frankfurt FV (Kickers-Victoria), o 1920 m. susijungus su gimnastikos klubu Frankfurter Turngemeinde von 1861 sudarytas klubas TuS Eintracht Frankfurt von 1861. 1927 m. gimnastikos ir futbolo šakos atsiskyrė, iš futbolo atšakos susikūrė Sportgemeinde Eintracht Frankfurt (FFV) von 1899 klubas.
XX a. 3-4 dešimtmečiais Eintracht futbolo komanda laimėjo keletą vietinių ir regioninių čempionatų, bet nacionalinėse atrankinėse varžybose nepasižymėjo. 1933 m. po Vokietijos futbolo sistemos reorganizavimo, komanda žaidė regioninėje pirmojo diviziono Gauliga Südwest lygoje, kur aukščiausias komandos pasiekimas buvo 1 vieta 1938 metais.
Po antrojo pasaulinio karo žaidė pirmojo diviziono regioninėje Oberliga Süd lygoje, 1953 ir 1959 metais tapo lygos čempionais. 1959 metais taip pat iškovojo ir šalies čempionų vardą, o 1959-1960 metų sezone sėkmingai dalyvavo Europos Čempionų taurės varžybose, kur tik finale 7:3 nusileido Madrido „Real“ komandai.
1963 metais klubas tapo vienu Bundeslygos įkūrėju, kur žaidė iki 1996 metų, o aukščiausia iškovota vieta – 3 vieta 1992 metais. Nuo 1997 metų komanda vis iškopia į Bundeslygą, o po to vėl iškrenta į žemesnę 2.Bundesliga.