Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Κεφάλαιο 2. Αντιγραφή, έκφραση και ρύθµιση της γενετικής πληροφορίας
Αντιγραφή του DNA
To DNA αυτοδιπλασιάζεται
Η αντιγραφή γίνεται στη μεσόφαση και μόνο μία φορά στη ζωή ενός κυττάρου. Η διπλή έλικα ξετυλίγεται και η κάθε αλυσίδα λειτουργεί ως καλούπι για τη σύνθεση της νέας, συμπληρωματικής αλυσίδας. Τα δύο θυγατρικά μόρια που προκύπτουν είναι πανομοιότυπα με το αρχικό και το καθένα αποτελείται από μία παλιά (αρχική) και μία νέα αλυσίδα. Αυτός ο τρόπος αντιγραφής ονομάζεται ημισυντηρητικός. Πού γίνεται η αντιγραφή • ευκαρυωτικοί: στον πυρήνα, στα μιτοχόνδρια, στους χλωροπλάστες • προκαρυωτικοί: στο κυτταρόπλασμα • ιοί: στο εσωτερικό του ξενιστή

Στην αντιγραφή του DNA συνεργάζονται πολλά ένζυµα
Η διαδικασία της αντιγραφής περιλαμβάνει τη z Η αντιγραφή στους συνεργασία πολλών ενζύμων που λειτουργούν ταυτόχρονα, με μεγάλη ταχύτητα και ακρίβεια. Η οργανισμούς αντιγραφή του DNA ξεκινάει από ορισμένα σημεία αντιγραφή τα οποία ονομάζονται θέσεις έναρξης αντιγραφής. Στους προκαρυωτικούς οργανισμούς βακτήρια ευκαρυωτικοί υπάρχει μόνο μία θέση έναρξης ενώ στους • ένα σημείο • πολλά σημεία ευκαρυωτικούς η αντιγραφή ξεκινά ταυτόχρονα έναρξης έναρξης από εκατοντάδες σημεία σε κάθε χρωμόσωμα. Τα • 30 λεπτά • γρήγορα τμήματα που δημιουργούνται ενώνονται μεταξύ τους ώστε η διαδικασία να ολοκληρώνεται πολύ γρήγορα, παρά το μεγάλο μήκος του ευκαρυωτικού DNA.

Ένζυμα που συμμετέχουν στην αντιγραφή και η λειτουργία τους (6):
1. Η
1. DNA ελικάσες: σπάζουν δεσµούς υδρογόνου. 2. Πριµόσωµα: σύµπλοκο ενζύµων που συνθέτει µικρά τµήµατα RNA στις θέσεις έναρξης της αντιγραφής. 3. DNA πολυµεράσες: αποµακρύνουν τα πρωταρχικά τµήµατα RNA και τα αντικαθιστούν µε τµήµατα DNA. 4. DNA πολυµεράσες: i. συνδέουν τα νέα νουκλεοτίδια, ii. επιδιορθώνουν λάθη στην αντιγραφή, iii. απομακρύνουν τα πρωταρχικά τμήματα. 5. DNA δεσµάση: ενώνει τα κοµµάτια της ασυνεχούς αλυσίδας, συνδέει τα κοµµάτια που προκύπτουν από τις θέσεις έναρξης. 6. Επιδιορθωτικά ένζυµα: κάνουν την τελική επιδιόρθωση.

Κανόνες αντιγραφής (6)
τοποθέτηση των νουκλεοτιδίων γίνεται στο ελεύθερο 3΄άκρο της δεοξυριβόζης του τελευταίου νουκλεοτιδίου της νέας αλυσίδας. Η νέα αλυσίδα συντίθεται 5’ προς 3’. Οι αλυσίδες είναι αντιπαράλληλες Η κατεύθυνση της αντιγραφής έχει προσανατολισµό 5’ προς 3’. Στη µια αλυσίδα η αντιγραφή είναι συνεχής (πρώτη) ενώ στην άλλη ασυνεχής (δεύτερη). Η DNA πολυµεράση επιτρέπει λάθη της τάξης του 1 στα 105. Με την τελική επιδιόρθωση (επιδιορθωτικά ένζυµα), τα λάθη περιορίζονται στο 1 στα 1010. Η προσθήκη των νουκλεοτιδίων γίνεται µε τον κανόνα της συµπληρωµατικότητας Α:Τ και G:C. Η πληροφορία για τον αυτοδιπλασιασµό του DNA υπάρχει στο ίδιο το µόριο.

2. 3. 4. 5.

6. 7.

11 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Διαδικασία αντιγραφής DNA
ξετύλιγµα αλυσίδων στις θέσεις έναρξης

Ένζυμο
DNA ελικάση

δημιουργία θηλιάς (και προς τις δύο κατευθύνσεις)

σύνθεση μικρών τμημάτων RNA στις θέσεις έναρξης αντιγραφής

πριμόσωμα

επιµήκυνση των RNA µε τµήµατα DNA (κατεύθυνση 5’-3’)

DNA πολυμεράση

δηµιουργία δεσµών υδρογόνου µεταξύ των συµπληρωµατικών βάσεων

επιδιόρθωση λαθών

DNA πολυμεράση

σύνδεση κομματιών ασυνεχούς αλυσίδας

DNA δεσμάση

σύνδεση κομματιών στις θέσεις αντιγραφής

DNA δεσμάση

έλεγχος λαθών

επιδιορθωτικά ένζυμα

1. Ασυνεχής αλυσίδα 2. Συνεχής αλυσίδα 3. DNA πολυμεράση 4. DNA δεσμάση 5. RNA πρωταρχικό τμήμα 6. Πριμόσωμα 7. Τμήμα Okazaki 8. DNA πολυμεράση 9. DNA ελικάση 10. Ελεύθερο τμήμα αλυσίδας, Πρωτεΐνες πρόσδεσης 11. DNA ελικάση-Τοποϊσομεράση

12 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Έκφραση της γενετικής πληροφορίας
Η ροή της γενετικής πληροφορίας
Το DNA ενός οργανισμού περιέχει αποθηκευμένες ακριβείς οδηγίες, οι οποίες καθορίζουν τη δομή και τη λειτουργία του οργανισμού. Οι πληροφορίες υπάρχουν σε τμήματα του DNA με συγκεκριμένη ακολουθία βάσεων, τα γονίδια. Τα γονίδια καθορίζουν την αλληλουχία των αμινοξέων μιας πρωτεΐνης. Η πορεία της πληροφορίας από το DNA στο RNA (μεταγραφή) και από το RNA στις πρωτεΐνες (μετάφρασης) ονομάζεται γονιδιακή έκφραση. • Αντιγραφή: διαιωνίζει τη γενετική πληροφορία. • Μεταγραφή: μεταφέρει τη γενετική πληροφορία από το DNA στο RNA. • Μετάφραση: μεταφέρει τη γενετική πληροφορία από το RNA στις πρωτεΐνες. • Τα παραπάνω συνοψίζονται στο πρωτεΐνες c RNA κεντρικό δόγμα της βιολογίας (F. Crick, 1958). DNA

v

Στην πορεία ανακαλύφθηκε μία κατηγορία ιών που έχει την ικανότητα να συνθέτει DNA χρησιμοποιώντας ως μήτρα το RNA με τη βοήθεια του ενζύμου αντίστροφη μεταγραφάση. Έτσι το κεντρικό δόγμα της βιολογίας περιγράφεται σήμερα ως εξής:

c DNA v

c RNA v

πρωτεΐνες ή

c νουκλεϊκά οξέα v

πρωτεΐνες

Όλα τα κύτταρα ενός οργανισμού έχουν το ίδιο γενετικό υλικό αλλά δεν έχουν την ίδια εμφάνιση ή λειτουργία. Η μεταγραφή καθορίζει (3): 1. ποια γονίδια θα εκφραστούν 2. σε ποιους ιστούς θα εκφραστούν 3. σε ποιο στάδιο ανάπτυξης θα εκφραστούν Τα γονίδια διακρίνονται σε δύο κατηγορίες, ανάλογα με το προϊόν της μεταγραφής τους (2): 1. στα γονίδια που μεταγράφονται σε mRNA και στη συνέχεια σε πρωτεΐνες 2. στα γονίδια που μεταγράφονται και παράγουν rRNA, tRNA και snRNA. Από το σύνολο του γενετικού υλικού ενός ανθρώπου (γονιδίωμα) μόνο ένα μικρό ποσοστό μεταγράφεται σε mRNA (άρα είναι γονίδια).

Τα είδη του RNA (4)

1. mRNA
αγγελιαφόρο

2. rRNA
ριβοσωμικό

1. tRNA
μεταφορικό

4. snRNA
μικρό πυρηνικό

μεταφέρει την πληροφορία του DNA για την πρωτεϊνοσύνθεση

συνδέονται με πρωτεΐνες και σχηματίζουν το ριβόσωμα

κάθε μεταφορικό RNA συνδέεται με ένα συγκεκριμένο αμινοξύ και το μεταφέρει στη θέση της πρωτεϊνοσύνθεσης

μικρά μόρια RNA που συνδέονται με πρωτεΐνες και σχηματίζουν μικρά ριβονουκλεοπρωτεϊνικά σωματίδια

Μετάφραση

Ωρίμανση
(μόνο στους ευκαρυωτικούς)

13 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Μεταγραφή του DNA
Η μεταγραφή του DNA σε RNA έχει τον ίδιο μηχανισμό στους ευκαρυωτικούς και στους προκαρυωτικούς οργανισμούς. Στους ευκαρυωτικούς γίνεται στον πυρήνα, στα μιτοχόνδρια και στους χλωροπλάστες και στους προκαρυωτικούς στο κυτταρόπλασμα. Η μεταγραφή γίνεται σε όλη τη διάρκεια της μεσόφασης. z RNA πολυμεράση (3) Στη μεταγραφή συντίθεται ένα μόριο RNA 1. ξετυλίγει την έλικα του DNA συμπληρωματικό και αντιπαράλληλο ως προς 2. τοποθετεί τα ριβονουκλεοτίδια την αλυσίδα του DNA που αποτελεί το καλούπι 3. συνδέει τα ριβονουκλεοτίδια για τη σύνθεση του RNA. Το ένζυμο της μεταγραγραφής είναι η RNA πολυμεράση (υπάρχουν τρία είδη πολυμερασών στους ευκαρυωτικούς). Στη μεταγραφή συμμετέχουν (3): 1. υποκινητές: ειδικές περιοχές του DNA όπου συνδέεται η RNA πολυμεράση. Βρίσκονται πριν από την αρχή κάθε γονιδίου και δε μεταγράφονται 2. η RNA πολυμεράση 3. μεταγραφικοί παράγοντες: πρωτεΐνες που αποτελούν τα ρυθμιστικά στοιχεία της μεταγραφής: επιτρέπουν να ξεκινήσει σωστά η RNA πολυμεράση τη μεταγραφή

z Τα ρυθμιστικά
στοιχεία (2)
1. υποκινητές 2. μεταγραφικοί παράγοντες

Διαδικασία μεταγραφής RNA
πρόσδεση RNA πολυμεράσης στον υποκινητή
μεταγραφικοί παράγοντες

Ένζυμο
RNA πολυμεράση

τοπικό ξεδίπλωμα της διπλής έλικας του DNA

RNA πολυμεράση

προσθήκη συμπληρωματικών ριβονουκλεοτιδίων στη μεταγραφόμενη αλυσίδα (5΄→ 3΄)

RNA πολυμεράση

επιµήκυνση των RNA (κατεύθυνση 5΄→ 3΄)

RNA πολυμεράση

η RNA πολυμεράση φτάνει στις αλληλουχίες λήξης μεταγραφής
απελευθέρωση του πρόδρομου mRNA

απομάκρυνση εσωνίων

μικρά ριβονουκλεοπρωτεϊνικά σωματίδια

ώριμο mRNA

14 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Το μόριο RNA που συντίθεται είναι συμπληρωματικό ως προς την αλυσίδα που μεταγράφεται: Μη κωδική αλυσίδα → μεταγράφεται → συμπληρωματική στο RNA Kωδική αλυσίδα → δε μεταγράφεται → ίδια αλληλουχία αζωτούχων βάσεων με το RNA (Τ αντί για U) Ωρίμανση του πρόδρομου mRNA Στους προκαρυωτικούς οργανισμούς το mRNA ξεκινάει να μεταφράζεται πριν ολοκληρωθεί η μεταγραφή του (έλλειψη πυρηνικής μεμβράνης). Στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς υφίσταται ωρίμανση: αποκόπτονται ενδιάμεσες αλληλουχίες, τα εσώνια (δε μεταφράζονται) και παραμένουν (ενώνονται) τα εξώνια για να σχηματίσουν το ώριμο mRNA. Τα γονίδια αυτά ονομάζονται ασυνεχή ή διακεκομμένα (υπάρχουν σε ευκαρυωτικούς και ιούς ευκαρυωτικών). H ωρίμανση γίνεται στον πυρήνα των ευκαρυωτικών.
ριβονουκλεοπρωτεϊνικά σωματίδια αποκοπή εσωνίων, συρραφή εξωνίων

z Ριβονουκλεοπρωτεϊνικά
ώριμο mRNA

πρόδρομο mRNA

σωματίδια (2)

Το ώριμο mRNA έχει μόνο εξώνια αλλά περιλαμβάνει δύο περιοχές που δε μεταφράζονται σε αμινοξέα, μία στο 5΄ και μία στο 3΄ άκρο. Οι περιοχές αυτές ονομάζονται αμετάφραστες περιοχές.

1. αποτελούνται από snRNA και πρωτεΐνες 2. λειτουργούν ως ένζυμα (αποκόπτουν εσώνια, συρράπτουν εξώνια)

Ο γενετικός κώδικας είναι η αντιστοίχιση τριπλετών βάσεων σε αµινοξέα
• • • • γενετικός κώδικας είναι η αντιστοίχιση των τριπλετών του mRNA με τα αμινοξέα των πρωτεϊνών κώδικας τριπλέτας: τρία νουκλεοτίδια του mRNA αντιστοιχούν σε ένα αμινοξύ κωδικόνιο: τριπλέτα νουκλεοτιδίων (DNA κωδικής αλυσίδας ή mRNA) που κωδικοποιεί ένα αμινοξύ ή τη λήξη της μετάφρασης πλαίσιο ανάγνωσης: η διαδρομή, με βήμα τριπλέτας, από το κωδικόνιο έναρξης μέχρι το κωδικόνιο λήξης (το κωδικόνιο λήξης δεν περιλαμβάνεται)

Τα βασικά χαρακτηριστικά του γενετικού κώδικα (6): 1. είναι κώδικας τριπλέτας: μία τριάδα νουκλεοτιδίων (κωδικόνιο) κωδικοποιεί ένα αμινοξύ 2. είναι συνεχής: δεν υπάρχουν κενά στο πλαίσιο ανάγνωσης 3. είναι μη επικαλυπτόμενος: κάθε νουκλεοτίδιο «ανήκει» σε ένα μόνο κωδικόνιο 4. είναι σχεδόν καθολικός: η αντιστοίχιση των κωδικονίων σε αμινοξέα είναι σχεδόν ίδια για όλους τους οργανισμούς 5. είναι εκφυλισμένος: διαφορετικά κωδικόνια κωδικοποιούν το ίδιο αμινοξύ (συνώνυμα). Ισχύει για όλα τα αμινοξέα εκτός από τη μεθειονίνη και την τρυπτοφάνη που κωδικοποιούνται από μία μόνο τριπλέτα 6. έχει κωδικόνιο έναρξης (μεθειονίνη, AUG) και κωδικόνια λήξης (UAG, UGA, UAA)

z Όρια γονιδίου
Ένα γονίδιο περιλαμβάνει τα νουκλεοτίδια στο DNA που κωδικοποιούν τα αμινοξέα μίας πρωτεΐνης, τα κωδικόνια έναρξης και λήξης καθώς και τα νουκλεοτίδια που αντιστοιχούν στις 5΄και 3΄αμετάφραστες περιοχές.

O προσανατολισμός των κωδικονίων είναι πάντα 5΄→ 3΄, για παράδειγμα το UGA είναι 5΄UGA 3΄.

15 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Μετάφραση
Η μετάφραση (πρωτεϊνοσύνθεση) είναι η διαδικασία αντιστοίχισης των κωδικονίων του mRNA σε αμινοξέα και η σύνδεση μεταξύ τους με πεπτιδικό δεσμό για τον σχηματισμό μιας πολυπεπτιδικής αλυσίδας (πρωτεΐνη). Η μετάφραση γίνεται σε όλη τη διάρκεια της μεσόφασης. κυτταρόπλασμα η μετάφραση πραγματοποιείται στα ριβοσώματα προκαρυωτικοί ευκαρυωτικοί κυτταρόπλασμα ή αδρό ενδοπλασματικό δίκτυο μιτοχόνδρια χλωροπλάστες

Οι παράγοντες που απαιτούνται για την έναρξη της μετάφρασης είναι (5): 1. το mRNA (το ώριμο mRNA στους ευκαρυωτικούς) 2. τα tRNA 3. τα ριβοσώματα 4. ένζυμα και πρωτεΐνες 5. ενέργεια

z θέσεις πρόσδεσης
3 στα ριβοσώματα
μικρή υπομονάδα 1 θέση εισδοχής για 1 μόριο μεγάλη υπομονάδα 2 θέσεις εισδοχής για 2 μόρια

2 στο tRNA
αντικωδικόνιο πρόσδεση με τον κωδικόνιο λόγω συμπληρωματικότητας θέση αμινοξέος σύνδεση με συγκεκριμένο αμινοξύ

mRNA

tRNA

Σημεία προσοχής στη μετάφραση • • πολλά μόρια mRNA μπορούν να μεταγράφονται από ένα z mRNA-tRNA μόνο γονίδιο Κάθε αντικωδικόνιο πολλά ριβοσώματα μπορούν να μεταφράζουν ταυτόχρονα ένα mRNA δημιουργώντας ένα πολύσωμα. Το κάθε του tRNA είναι ριβόσωμα βρίσκεται σε διαφορετική θέση πάνω στο mRNA συμπληρωματικό και η μετάφραση είναι μια οικονομική διαδικασία και αντιπαράλληλο με το επιτρέπει τη δημιουργία πολλών αντιγράφων μίας κωδικόνιο του mRNA πρωτεΐνης από ένα ή δύο αντίγραφα ενός γονιδίου τα ριβοσώματα ενός οργανισμού μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη μετάφραση ενός οποιουδήποτε mRNA (προερχόμενο από άλλο οργανισμό) ο πεπτιδικός δεσμός δημιουργείται μεταξύ της καρβοξυλομάδας ενός αμινοξέος και της αμινομάδας του επόμενου. Έτσι, μία πρωτεΐνη έχει πάντα μία ελεύθερη αμινομάδα στο πρώτο αμινοξύ και μία ελεύθερη καρβοξυλομάδα στο τελευταίο αν και θα ήταν αναμενόμενο, δεν έχουν όλες οι πρωτεΐνες τη μεθειονίνη ως πρώτο αμινοξύ. Σε πολλές περιπτώσεις, οι πρωτεΐνες τροποποιούνται μετά τη μετάφραση προκειμένου να αποκτήσουν τη λειτουργική τους μορφή υπάρχουν 64 κωδικόνια αλλά μόνο τα 61 κωδικοποιούν κάποιο αμινοξύ. Τα τρία κωδικόνια λήξης ελέγχουν τη λήξη της μετάφρασης και ελευθερώνουν το ριβόσωμα (άρα δεν υπάρχουν και αντικωδικόνια tRNA για αυτά) το ριβόσωμα κινείται πάνω στο mRNA και όχι το αντίστροφο. Η μετακίνηση γίνεται με βήμα τριπλέτας (γενετικός κώδικας: συνεχής, μη επικαλυπτόενος)

•

•

•

•

•

•

16 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Διαδικασία μετάφρασης mRNA
σύνδεση mRNA με τη μικρή υπομονάδα του ριβοσώματος (συμπληρωματικότητα)

σύνδεση mRNA-ριβοσώματος με το tRNA που φέρει τη μεθειονίνη (σύμπλοκο έναρξης)

έναρξη

σύνδεση της μεγάλης υπομονάδας του ριβοσώματος στο σύμπλοκο έναρξης

τοποθέτηση του 2ου tRNA στο ριβόσωμα

σχηματισμός πεπτιδικού δεσμού ανάμεσα στα δύο πρώτα αμινοξέα

αποσύνδεση του tRNA από το 1ο αμινοξύ (met)
απελευθερώνεται στο κυτταρόπλασμα, συνδέεται ξανά με met

επιμήκυνση

τοποθέτηση του 3ου tRNA στην κενή θέση του ριβοσώματος
επιμήκυνση της πολυπεπτιδικής αλυσίδας με σχηματισμό πεπτιδικών δεσμών

όταν το ριβόσωμα φτάσει σε κωδικόνιο λήξης δεν υπάρχει αντίστοιχο tRNA
πρόσδεση παράγοντα απελευθέρωσης στο κωδικόνιο λήξης

απομάκρυνση του τελευταίου tRNA λήξη αποδέσμευση πολυπεπτιδικής αλυσίδας

διαχωρισμός των υπομονάδων του ριβοσώματος 17 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Γονιδιακή ρύθµιση: ο έλεγχος της γονιδιακής έκφρασης
Η έκφραση των γονιδίων ρυθµίζεται µε διάφορους µηχανισµούς
Γονιδιακή έκφραση είναι η διαδικασία με την οποία ένα γονίδιο ενεργοποιείται για να παράγει μία πρωτεΐνη. Περιλαμβάνει τις διαδικασίες της μεταγραφής και της μετάφρασης.

η γονιδιακή έκφραση καθορίζει

το είδος των πρωτεΐνών που θα παραχθούν την ποσότητα των πρωτεϊνών σε κάθε κυτταρο τη χρονικη στιγμή παραγωγής μιας πρωτεΐνης

H γονιδιακή έκφραση επιτρέπει στα κύτταρα να κάνουν οικονομία πρώτων υλών αλλά και να προσαρμόζονται στο περιβάλλον τους. Στους πολυκύτταρους οργανισμούς, η γονιδιακή έκφραση επιτρέπει σε τρισεκατομμύρια κύτταρα να συνεργάζονται αρμονικά μεταξύ τους και το κάθε ένα να επιτελεί διαφορετικές λειτουργίες οι οποίες στο σύνολό τους επιτρέπουν την επιβίωση του οργανισμού.

Η γονιδιακή ρύθµιση στους προκαρυωτικούς οργανισµούς
Σκοπός της γονιδιακής έκφρασης στους προκαρυωτικούς είναι η προσαρμογή του οργανισμού στις εναλλαγές του περιβάλλοντος για να μπορέσει να αυξηθεί και να διαιρεθεί. To βακτήριο E. coli έχει στο γονιδίωμά του 4.000 γονίδια, τα οποία δεν εκφράζονται όλα ταυτόχρονα. Ανάλογα με τις συνθήκες του περιβάλλοντος ενεργοποιούνται τα γονίδια τα οποία κωδικοποιούν τις πρωτεΐνες που είναι απαραίτητες για να επιβιώσει ο οργανισμός.

Οπερόνιο είναι μία ομάδα γονιδίων τα οποία υπόκεινται σε κοινό έλεγχο της έκφρασής τους δηλαδή έχουν έναν κοινό υποκινητή. Στο γονιδίωμα των προκατυωτικών οργανισμών τα γονίδια των ενζύμων που παίρνουν μέρος σε μία μεταβολική οδό οργανώνονται σε οπερόνια.

Το οπερόνιο της λακτόζης
Το βακτήριο E. coli χρησιμοποιεί ως πηγή άνθρακα τη γλυκόζη. Όταν βρεθεί σε περιβάλλον με λακτόζη (δισακχαρίτης: γλυκόζη και γαλακτόζη) το βακτήριο επιβιώνει. Άρα, διαθέτει τις κατάλληλες πρωτεΐνες για να διασπάσει τη λακτόζη. Το οπερόνιο της λακτόζης είναι μία ομάδα τριών γονιδίων που βρίσκονται το ένα δίπλα στο άλλο και ενεργοποιούνται μόνο παρουσία λακτόζης. Διαφορετικά, βρίσκονται σε καταστολή. ρυθμιστικό γονίδιο: κωδικοποιεί τον καταστολέα

οπερόνιο της λακτόζης

υποκινητής: θέση πρόσδεσης RNA πολυμεράσης χειριστής: θέση πρόσδεσης του καταστολέα και έναρξη της μεταγραφής δομικά γονίδα: ομάδα γονιδίων που υπόκεινται σε κοινό έλεγχο(=έχουν κοινό υποκινητή)

Σημαντικά στοιχεία για τη λειτουργία του οπερονίου της λακτόζης είναι: • ο καταστολέας: πρωτεΐνη που μπλοκάρει τον χειριστή, κωδικοποιείται από το ρυθμιστικό γονίδιο • ο επαγωγέας: το μόριο που προσδένεται στον καταστολέα και δεν του

επιτρέπει να προσδεθεί στον χειριστή

18 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Λειτουργία του οπερονίου της λακτόζης

To οπερόνιο απουσία λακτόζης
το ρυθμιστικό γονίδιο μεταγράφεται και μεταφράζεται συνεχώς

To οπερόνιο παρουσία λακτόζης
το ρυθμιστικό γονίδιο μεταγράφεται και μεταφράζεται συνεχώς

παράγονται λίγα μόρια καταστολέα

παράγονται λίγα μόρια καταστολέα

ο καταστολέας προσδένεται στον χειριστή

η λακτόζη προσδένεται τον καταστολέα και δεν του επιτρέπει να προσδεθεί στον χειριστή
η λακτόζη λειτουργεί ως επαγωγέας

η RNA πολυμεράση και οι μεταγραφικοί παράγοντες έχουν προσδεθεί στον υποκινητή αλλά η μεταγραφή δεν ξεκινά

η RNA πολυμεράση και οι μεταγραφικοί παράγοντες έχουν προσδεθεί στον υποκινητή και η μεταγραφή των δομικών γονιδίων ξεκινάει
παράγεται ένα mRNA με κωδικόνια έναρξης και λήξης για κάθε ένζυμο

τα δομικά γονίδια δε μεταφράζονται

τα δομικά γονίδια μεταφράζονται

* Όταν η λακτόζη διασπαστεί πλήρως τότε
η πρωτεΐνη καταστολέας προσδένεται ξανά στον χειριστή και καταστέλλει τη μεταγραφή των τριών γονιδίων

παράγονται τα ένζυμα για τη διάσπαση της λακτόζης*

19 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Η γονιδιακή ρύθµιση στους ευκαρυωτικούς οργανισµούς
Κυτταρική διαφοροποίηση: είναι η διαδικασία με την οποία τα κύτταρα ενός πολυκύτταρου οργανισμού εξειδικεύονται για να εκτελέσουν επιμέρους λειτουργίες. Εμβρυογένεση: το γονιμοποιημένο ωάριο διαιρείται με συνεχείς μιτώσεις για να δώσει όλα τα κύτταρα του εμβρύου. Διαφοροποιημένα κύτταρα: είναι τα κύτταρα ενός πολυκύτταρου οργανισμού, που έχουν τις ίδιες γενετικές πληροφορίες (άρα και τα ίδια γονίδια). Διαφέρουν όμως στη μορφή και στη λειτουργία τους. Η γενετική πληροφορία εκφράζεται επιλεκτικά, ανάλογα με τον κυτταρικό τύπο στον οποίο ανήκουν. Κυτταρικός τύπος: πρόκειται για μία διαφοροποιημένη ομάδα κυττάρων, τόσο δομικά όσο και λειτουργικά, ικανή να πραγματοποιεί συγκεκριμένες λειτουργίες».» Η αναγκαιότητα της τελειοποίησης των συστημάτων ελέγχου ευκαρυωτικούς οργανισμούς προκύπτει από (2): 1. την πολυπλοκότητα των ευκαρυωτικών κυττάρων 2. την ανάγκη ελέγχου της ανάπτυξης των πολυκύτταρων οργανισμών
ποια γονίδια μεταγράφονται με ποια ταχύτητα μεταγράφονται ωρίμανση πρόδρομου mRNA ρύθμιση της ταχύτητας εξόδου του mRNA από τον πυρήνα χρόνος «ζωής» του mRNA στο κυτταρόπλασμα ικανότητα πρόσδεσης του mRNA στα ριβοσώματα τροποποίηση της πρωτεΐνης για να γίνει βιολογικά λειτουργική

στους

μεταγραφή

επίπεδα γονιδιακής ρύθμισης

μετά τη μεταγραφή

μετάφραση

μετά τη μετάφραση

Διαφορές στη γονιδιακή ρύθμιση ευκαρυωτικών-προκαρυωτικών • στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς τα γονίδια δεν οργανώνονται σε οπερόνια, κάθε γονίδιο έχει τον δικό του υποκινητή • στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς κάθε κυτταρικός τύπος έχει διαφορετικά είδη μεταγραφικών παραγόντων • στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς υπάρχει ένας μοναδικός συνδυασμός μεταγραφικών παραγόντων για κάθε υποκινητή • στους ευκαρυωτικούς οργανισμούς η ρύθμιση γίνεται σε πολλά επίπεδα

20 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Ειδικά θέματα στο 2ο κεφάλαιο
Διαφορές αντιγραφής – μεταγραφής
αντιγραφή
σύνθεση DNA ένζυμο: DNA πολυμεράση ημισυντηρητικός τρόπος διαιώνιση της γενετικής πληροφορίας αντιγράφονται και οι δύο αλυσίδες του DNA προκύπτει δίκλωνο μόριο υπάρχει έλεγχος λαθών σε δύο επίπεδα ξετύλιγμα DNA σε πολλά σημεία ταυτόχρονα τα θυγατρικά μόρια μένουν στον πυρήνα δε γίνεται ωρίμανση γίνεται μία φορά στη διάρκεια της ζωής ενός κυττάρου

μεταγραφή
σύνθεση RNA ένζυμο: RNA πολυμεράση αντίγραφα γονιδίων έκφραση της γενετικής πληροφορίας μεταγράφεται μόνο η μία αλυσίδα προκύπτει μονόκλωνο μόριο δεν αναφέρεται έλεγχος λαθών ξετύλιγμα DNA σε ένα σημείο τα θυγατρικά μόρια μεταφέρονται στο κυτταρόπλασμα γίνεται ωρίμανση (ευκαρυωτικοί) γίνεται πολλές φορές στη διάρκεια της ζωής ενός κυττάρου

Oμοιότητες αντιγραφής – μεταγραφής
πραγματοποιούνται στον πυρήνα ο προσανατολισμός της νεοσυντιθέμενης αλυσίδας είναι 5΄→ 3΄ ισχύει ο κανόνας της συμπληρωματικότητας των βάσεων γίνονται κατά τη μεσόφαση επιβάλλεται να ανοίξουν οι δύο αλυσίδες του DNA με σπάσιμο των δεσμών υδρογόνου μεταξύ των αζωτούχων βάσεων

DNA και RNA πολυμεράσες
DNA πολυμεράσες
συμμετέχουν στην αντιγραφή τοποθετούν συμπληρωματικά δεοξυριβονουκλεοτίδια σε μία αλυσίδα DNA χρειάζονται κάποιο πρωταρχικό τμήμα για να ξεκινήσουν την επιμήκυνση δεν μπορούν να ξεδιπλώσουν την αλυσίδα του DNA επιδιορθώνουν λάθη στην αντιγραφή

RNA πολυμεράσες
συμμετέχουν στη μεταγραφή τοποθετούν συμπληρωματικά ριβονουκλεοτίδια σε μία αλυσίδα DNA δε χρειάζονται κάποιο πρωταρχικό τμήμα για να ξεκινήσουν την επιμήκυνση ξεδιπλώνουν την αλυσίδα του DNA δεν επιδιορθώνουν λάθη στη μεταγραφή

21 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Μεθοδολογία ασκήσεων στο 2ο κεφάλαιο

1. • • • •

Εύρεση γονιδίου στο DNA Διαβάζω με κατεύθυνση 5΄→ 3΄ (αν δεν έχει κατευθύνσεις παίρνω περιπτώσεις) Βρίσκω κωδικόνιο έναρξης 5΄ATG 3΄. Διαβάζω ανα 3 νουκλεοτίδια Βρίσκω κωδικόνιο λήξης (5΄-TAG-3΄/ 5΄-TGA-3΄/5΄-TAA-3΄). Η αλυσίδα, στην οποία βρήκα κωδικόνιο έναρξης και λήξης με βήμα τριπλέτας, είναι εξ’ ορισμού η κωδική (ονομάζεται και μη μεταγραφόμενη). Η άλλη είναι η μεταγραφόμενη (ή μη κωδική), η οποία είναι συμπληρωματική του mRNA.

2. Μεταγραφή • Το mRNA σχηματίζεται από 5΄αμετάφραστο άκρο μέχρι το 3΄ αμετάφραστο άκρο (περιλαμβάνει το κωδικόνιο έναρξης και το κωδικόνιο λήξης). • Eίναι λάθος να αντιγράφουμε και τις δύο αλυσίδες του DNA. Άρα παίρνετε την κωδική αλυσίδα και αντιγράφετε ακριβώς την ίδια αντικαθιστώντας τη Τ του DNΑ με την U του RNA. Εναλλακτικά παίρνετε τη μη κωδική (μεταγραφόμενη) αλυσίδα και σχηματίζετε τη συμπληρωματική της, πάντα από το κωδικόνιο έναρξης μέχρι το κωδικόνιο λήξης. Μην ξεχάσετε να σημειώσετε τα άκρα και τις αμετάφραστες περιοχές. 3. Μετάφραση • Στις 5΄και 3΄αμετάφραστες περιοχές δεν υπάρχουν κωδικόνια. • Τα tRNA είναι αντιπαράλληλα και συμπληρωματικά στα κωδικόνιο του mRNA. Τα tRNA, επίσης, δεν τα γράφουμε σαν ένα μεγάλο μόριο, αλλά σαν τριπλέτες. Βάζουμε τους προσανατολισμούς. Δεν υπάρχει αντικωδικόνιο για τα κωδικόνια λήξης. • Τα αμινοξέα κωδικοποιούνται σύμφωνα με τον γενετικό κώδικα. Προσοχή: ο γενετικός κώδικας αναφέρεται στο mRNA και στην κωδική αλυσίδα. Δεν αναφέρεται στο tRNA ή στη μη κωδική αλυσίδα. Προσανατολισμό έχουν και τα πολυπεπτίδια αλλά είναι διαφορετικός από τα αμινοξέα: το πρώτο αμινοξύ έχει μία ελεύθερη αμινομάδα (ΝΗ2) και το τελευταίο μία ελεύθερη καρβοξυλική ομάδα (COOH). • Ένα αμινοξύ κωδικοποιείται από τρεις βάσεις, άρα ο αριθμός των βάσεων που κωδικοποιούν x αμινοξέα είναι 3x (για τη μία αλυσίδα). Για όλο το μόριο του DNA ο αριθμός είναι 6x βάσεις (2⋅3⋅x). 4. Ωρίμανση του mRNA • Τα εσώνια μεταγράφονται σε πρόδρομο mRNA, οπότε προσμετρώνται στο σύνολο των βάσεων στο πρόδρομο mRNA. • Το ώριμο mRNA έχει μόνο εξώνια, οπότε η ανάγνωσή του γίνεται με βήμα τριπλέτας (από το κωδικόνιο έναρξης μέχρι το κωδικόνιο λήξης).

22 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

Ασκήσεις στο 2ο κεφάλαιο 1. Ένα μόριο DNA αποτελείται από 3.000 ζεύγη βάσεων. Τοποθετείται σε δοκιμαστικό σωλήνα στον οποίο όλα τα ελεύθερα νουκλεοτίδια έχουν ιχνηθετηθεί με 15Ν (ισότοπο) και αντιγράφεται in vitro τρεις φορές: α. πόσα νουκλεοτίδια και πόσες μονόκλωνες αλυσίδες θα έχουν 15Ν στο τέλος της κάθε αντιγραφής; β. αν μετά τη δεύτερη αντιγραφή μεταφερθεί σε περιβάλλον με 35S πόσα μόρια με ραδιενεργό θείο θα προκύψουν μετά από μία αντιγραφή;
2. Εάν θέλαµε να συνθέσουµε in vitro τη συµπληρωµατική DNA αλυσίδα της ποιο από τα ακόλουθα πρωταρχικά τµήµατα RNA θα επιλέγαµε και γιατί; 5 ΄ CAGTTGAATTAGCTAGCAATTCCGG 3 ΄ 5 ΄GUCAAC 3 ΄ , α 5 ΄ AAGGCC 3 ΄ , β 5 ΄ CCGGAA 3 ΄ , γ 5 ΄ CAACUG 3 ΄ δ

3. Δίδεται το παρακάτω τμήμα DNA, το οποίο αντιγράφεται.

Στον κλώνο ΖΗ η αντιγραφή γίνεται με ασυνεχή τρόπο. Τα σημεία Δ και Η υποδεικνύουν τη θέση έναρξης της αντιγραφής. α. Να μεταφέρετε στο τετράδιο σας το παραπάνω σχήμα, να σχεδιάσετε τα συνεχή και ασυνεχή τμήματα των νέων κλώνων με βέλη υποδεικνύοντας τους προσανατολισμούς των νέων και των μητρικών κλώνων. Να αιτιολογήσετε την απάντησή σας. β. Στον κλώνο που αντιγράφεται με συνεχή τρόπο να γράψετε την αλληλουχία των νουκλεοτιδίων και τον προσανατολισμό του πρωταρχικού τμήματος, το οποίο αποτελείται από 8 (οκτώ) νουκλεοτίδια. Να αιτιολογήσετε την απάντησή σας.
(Πανελλήνιες 2011)

4. Σε ένα βακτηριακό DNA μετρήθηκε κατά την αντιγραφή του το σπάσιμο 4.800.000 δεσμών υδρογόνου κατά τον διαχωρισμό των δύο αλυσίδων. Κατά την αντιγραφή δημιουργήθηκαν 4x106 φωσφοδιεστερικοί δεσμοί. Αν στη μία από τις δύο νεοσυντιθέμενες αλυσίδες η DNA πολυμεράση τοποθέτησε 200.000 Α, πόσες Α τοποθέτησε στην άλλη αλυσίδα; 5. Αν η αλληλουχία των βάσεων σε ένα τµήµα mRNA είναι 5΄..AUCCGAUAU..3 ΄ ποια θα είναι η αλληλουχία των βάσεων της κωδικής και της µεταγραφόµενης αλυσίδας του αντίστοιχου τµήµατος DNA;

23 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

6. Σε ένα γονίδιο μετρήθηκαν στην κωδική αλυσίδα A 18%, Τ 24% και G 16%. Nα υπολογίσετε την αναλογία βάσεων: α. στη μη κωδική αλυσίδα β. σε ολόκληρο το γονίδιο γ. στο πρόδρομο mRNA 7. Στα παρακάτω σχήματα φαίνεται η κατεύθυνση με την οποία κινείται η RNA πολυμεράση στη μεταγραφή. Να προσδιορίσετε ποια είναι η κωδική αλυσίδα σε κάθε περίπτωση.
3΄ 5΄
RNA πολυμεράση

5΄ 3΄

5΄ 3΄

RNA πολυμεράση

3΄ 5΄

8. Δίνεται η αλληλουχία βάσεων στον ένα κλώνο ενός τμήματος DNA του E. coli: 3 ΄ ATTACAAGTCATTTATAATAGGTAAAAC 5 ΄ α. Να βρείτε την αλληλουχία του άλλου κλώνου. β. Ποια αλυσίδα είναι η µεταγραφόµενη και γιατί; γ. Να γράψετε το mRNA που προκύπτει. δ. Ποια τα αντικωδικόνια στα tRNA που θα απαιτηθούν για τη µετάφραση; ε. Γράψτε την αλληλουχία των αµινοξέων του πεπτιδίου που κωδικοποιείται από αυτό το mRNA και σηµειώστε το αµινικό και το καρβοξυλικό άκρο. στ. Πόσα και ποια µόρια RNA συμμετέχουν στη µετάφραση; 9. Δίνεται η αλληλουχία της κωδικής αλυσίδας ενός τµήµατος DNA από το E. coli: 5΄ ...TCCATGAATATG.....99 νουκλεοτίδια.........ATGGCGΤGAGTACCA...3΄ α. Ποια θα είναι η αλληλουχία των νουκλεοτιδίων της συµπληρωµατικής της ; β. Ποια θα είναι η αλληλουχία των νουκλεοτιδίων του mRNA που θα προκύψει από τη µεταγραφή ; γ. Ποιο θα είναι το πρώτο ριβονουκλεοτίδιο που θα χρησιµοποιηθεί; δ. Πόσα αµινοξέα θα έχει, αµέσως µετά τη σύνθεσή του, το πολυπεπτίδιο που θα συντεθεί ; 10. Η αλληλουχία νουκλεοτιδίων, της διπλής έλικας ενός µορίου DNA, που ακολουθεί περιλαµβάνει την πληροφορία για τη σύνθεση ενός πεπτιδίου. Αλυσίδα Ι Αλυσίδα ΙΙ AAACTAATAGTCAGAACCCATCTTG TTTGATTATCAGTCTTGGGTAGAAC

α. Ποια είναι η µεταγραφόµενη αλυσίδα; β. Σηµειώστε τον προσανατολισµό των δύο αλυσίδων. γ. Ποια θα είναι η αλληλουχία του mRNA που θα προκύψει από τη µεταγραφή; δ. Γράψτε την αλληλουχία των αµινοξέων του πεπτιδίου που κωδικοποιείται από αυτό το mRNA και σηµειώστε το αµινικό και το καρβοξυλικό άκρο.

24 

Σημειώσεις Βιολογίας Κατεύθυνσης Γ΄Λυκείου 2012-2013  Νίκος Κωνσταντίνου, Βιολόγος

11. Σε μία αλυσίδα DNA ενός γονιδίου, βρέθηκε η ακόλουθη σειρά αζωτούχων βάσεων: ... CCGGTTAAGGCTCATACAGCATGAGCCGAT... α. ποια είναι η ακολουθία βάσεων στη συμπληρωματική αλυσίδα; β. ποια από τις δύο αλυσίδες είναι η κωδική; γ. να γράψετε το mRNA που προκύπτει κατά τη μεταγραφή του γονιδίου δ. να γράψετε την πρωτεΐνη που προκύπτει κατά τη μετάφραση ε. να υπολογίσετε τον αριθμό των πεπτιδικών δεσμών στην πρωτεΐνη 12. Να υπολογίσετε το πλήθος των πεντοζών και των αζωτούχων βάσεων στο µόριο mRNA που κατά τη µετάφραση δίνει πεπτιδική αλυσίδα, η οποία στη λειτουργική της µορφή έχει 150 αµινοξέα, ενώ στην πρόδροµη µορφή έχει 155 αµινοξέα. Πόσα tRNA πήραν µέρος κατά τη σύνθεση της αλυσίδας και πόσα µόρια νερού προέκυψαν κατά την πρωτεϊνοσύνθεση;
(Σηµείωση: Να µην υπολογίσετε τις αµετάφραστες περιοχές.)

13. Η ακολουθία των βάσεων ενός τμήματος μιας πολυνουκλεοτιδικής αλυσίδας ενός μορίου DNA είναι: ...TTTAAAAAGTACGGCAGCGCGTCCCACATCTTTAAA... Ποια θα είναι η σειρά των βάσεων στη θέση του αντικωδικονίου των tRNA οι οποίες θα συνδεθούν με τα αντίστοιχα κωδικόνια του mRNA που θα προκύψει από τη μεταγραφή; (κριτήριο αξιολόγησης υπουργείου) 14. Δίδεται μία από τις δύο αλυσίδες ενός γονιδίου βακτηριακού DNA: ...GTCATGATCCGTCAGTACGTAGCGTAACGA... Βρείτε το τμήμα του mRNA που μετάφραζεται αν γνωρίζετε ότι το αντικωδικόνιο του tRNA που μεταφέρει το 3ο αμινοξύ είναι 5΄-GCA-3΄.

15. Δίνεται το παρακάτω τμήμα βακτηριακού DNA, το οποίο κωδικοποιεί ένα ολιγοπεπτίδιο. Αλυσίδα 1: GTTGAATTCTTAGCTTAAGTCGGGCATGAATTCTC Αλυσίδα 2: CAACTTAAGAATCGAATTCAGCCCGTACTTAAGAG α. Να προσδιορίσετε την κωδική και τη μη κωδική αλυσίδα του παραπάνω τμήματος DNA, επισημαίνοντας τα 5΄ και 3΄ άκρα των αλυσίδων Να αιτιολογήσετε την απάντησή σας. β. Το παραπάνω τμήμα DNA αντιγράφεται, και κατά τη διαδικασία της αντιγραφής δημιουργούνται τα παρακάτω πρωταρχικά τμήματα: i) 5’-GAGAAUUC-3’ ii) 5’-UUAAGCUA-3’ iii) 5’-GUUGAAUU-3’ Να προσδιορίσετε ποια αλυσίδα αντιγράφεται, με συνεχή και ποια με ασυνεχή τρόπο. Να αιτιολογήσετε την απάντησή σας
(Πανελλήνιες 2012)

25